Originário de uma família vienense, formado na clínica neuro-psiquiátrica de Pádua, suas opções de inspiração política e fenomenológica valeram a Franco Basaglia, no início de sua carreira, o exílio profissional, representado pela direção do Hospital Psiquiátrico de Gorizia, na fronteira iugoslava.
Profundamente afetado pelas condições de vida nessa instituição, mas apoiado em suas decisões, peregrinou pelo estrangeiro (note-se a importante etapa na comunidade terapêutica de MaxwelI Jones), e depois, cercando-se de discípulos convictos, fez de Gorizia o centro de uma experiência anti-institucional, tendo como postulados a gênese sócio-cultural dos distúrbios mentais, o conceito de doença mental ligado à marginalização das pessoas economicamente abandonadas e emocionalmente frágeis, o papel nefasto da medicalização, e como meio a horizontal idade dos papéis e a restauração do diálogo (quatro assembléias por dia, sendo duas gerais); muitos artistas, homens de letras, militantes, iam a Gorizia para participar das reuniões (alguns até se hospitalizavam), enquanto as idéias de Basaglia, apesar da hostilidade mais ou menos marcada dos partidos políticos, se difundiam, apoiadas por textos e "seminários volantes" em toda a Itália. O resultado de tudo isso foi, em 1968, a negação de toda comunidade terapêutica e de toda forma de repetição institucional, a oposição ao "setor psiquiátrico" como "ideologia de substituição" e à psicanálise, veículo privilegiado da sociedade capitalista. No fim desse mesmo ano, aparentemente desestimulado, exilou-se durante quase dois anos em Veneza, antes de começar um novo périplo através da Europa, Cuba e Estados Unidos.
Trabalhando em Trieste em 1971, fundou a associação Psiquiatria Democrática, onde suas teses, inicialmente aceitas, foram julgadas insuficientemente revolucionárias, por ocasião do terceiro congresso da associação, em 1978.
Enquanto seus seguidores e alunos se dispersavam por toda a Itália, uma ampla pesquisa feita pelos partidos políticos junto aos psiquiatras se concretizou na lei 180 de 13 de maio de 1978, que E. Balduzzi (Varese) resumiu em três pontos: desaparecimento do constrangimento jurídico-policial e gestão democrática da saúde mental, supremacia absoluta dos serviços externos, com nítida subordinação do momento hospitalar (nos hospitais gerais) e fechamento dos hospitais psiquiátricos, com proibição de abrir e organizar outros, dando razão a Basaglia, considerado pai dessa lei, apenas quanto ao terceiro ponto.
Pouco depois de sua nomeação como coordenador dos serviços psiquiátricos da região do Lácio, o que foi a sua consagração, faleceu em Veneza a 29 de agosto de 1980.
Entre seus escritos (individuais ou em colaboração, principalmente com sua mulher, France Ongaro), assinalemos "O que é a psiquiatria?" de 1967; "A instituição negada", 1968; "Crimes de paz", 1975; "Majoração do desvio", 1977; e "O navio que naufraga", de 1978.