Nasceu a 6 de julho de 1835, em uma família de comerciantes judeus de Eisenstadt, na província austro-húngara de Burgenland, mas toda a sua carreira médica se desenrolou em Viena, onde seu espírito curioso podia se ocupar em muitas direções. Inicialmente tentado pela física, dedicou-se a pesquisas sobre as aplicações médicas da eletricidade e publicou em 1868 uma obra intitulada "Eletroterapia", que durante muito tempo seria considerada um clássico. Nomeado médico-chefe da policlínica de medicina interna do Hospital Geral de Viena, deparou-se com muitos problemas neurológicos e psiquiátricos, que o levaram, nos anos 1870, a interessar-se pelo hipnotismo e pelo tratamento das neuroses. Na neurologia, isolou uma afecção que reunia a hemiplegia e uma paralisia ocular contralateral, a "síndrome de Benedikt", assim denominada por Charcot, de quem era amigo e que o recomendaria a Freud.
Seduzido pela criminologia, dedicou-se ao estudo craniométrico dos delinqüentes, sendo, pois um precursor de Lombroso. Mas foi certamente no campo da histeria que a sua contribuição foi mais original. Desde 1868, em seu manual de eletroterapia, Benedikt, utilizando o termo libido no sentido etimológico de desejo sexual, relacionava a histeria com perturbações precoces da vida sexual ou com maus-tratos sofridos na infância, acarretando uma vulnerabilidade particular do sistema nervoso. Julgava que a confissão consciente do "segredo" patógeno era a condição necessária da cura, e negava o papel do tratamento pela hipnose, pelo qual se interessara anteriormente, e contra o qual, paradoxalmente, Joseph Breuer o advertira.
Mais tarde, Benedikt ampliou essa noção de vida secreta, que todos, doentes ou sãos, têm em si, mas que se torna ainda mais importante quando as aspirações interiores do indivíduo têm mais dificuldade em expressar-se. Foi o que ele estudou, sob o nome inglês de Second life, em um longo artigo de 1894 na Wiener Klinik e que ele desenvolveria no seu "Tratado sobre o espírito humano", publicado no ano seguinte em Leipzig.
Parece que as teorias de Benedikt não deixaram de influenciar o desenvolvimento do pensamento de Freud e de Adler. Aos 71 anos, amargo e desiludido, publicou em 1906 um volume de memórias impiedosas: Aus meinem Leben. Morreu em Viena a 14 de abril de 1920.