Nascido a 26 de janeiro de 1856 em Lisboa, J. de Matos concluiu seu curso de medicina nessa cidade em 1880, com uma tese sobre a "Patologia das alucinações". Obteve um posto de assistente de Antônio Sena no Hospital Conde de Ferreira, na cidade do Porto, assumindo depois a sua direção médica até 1911, ano de sua nomeação para o Asilo Miguel Bombarda de Lisboa, durante o qual também se encarregou da recém-criada cátedra de clínica psiquiátrica da Faculdade e do ensino da psiquiatria médico-legal. Morreu em Lisboa a 12 de abril de 1922, de tuberculose pulmonar. Membro da Sociedade de Ciências Médicas, e da Academia de Ciências de Lisboa, Júlio de Matos foi o líder da reforma da assistência psiquiátrica portuguesa de 1896. Deve-se a ele a criação do novo estabelecimento para alienados de Lisboa que tem o seu nome.
Suas publicações psiquiátricas têm como tema As alucinações e as ilusões (1892), A paranóia (1898), Estudos clínicos e médico-legais sobre a loucura (1899), A alienação diante dos tribunais, estudo em três volumes, publicado de 1902 a 1907. Seu Manual de doenças mentais, publicado em 1884, teve grande repercussão tanto no Brasil quanto em Portugal. Discípulo de Auguste Comte, dirigiu com Miguel Artur e Ricardo Jorge a revista Positivisme.