Em 1896 verificaram-se novas concepções na teoria e prática psicológicas que marcaram o início daquilo que hoje é denominado de psicologia profunda. Os significantes eventos daquele ano foram a classificação das neuroses e a publicação de um artigo intitulado "Sobre a Etiologia da Histeria", por Freud (Ellenberger, 1970). Este último evento, como se verificou, foi importante tanto por seus fracassos como por seu sucesso, levando, como aconteceu posteriormente, à compreensão, por Freud, de que no inconsciente é muito difícil distinguir a fantasia da lembrança.
Daquela época em diante, ele e seus colegas íntimos (um dos quais foi Jung, durante os anos de 1907 a 1913) despenderam menos atenção à revelação de lembranças suprimidas que à exploração do material inconsciente.
As inovações de Freud assentaram as fundações daquilo que estava por vir, um fato bem reconhecido por Jung. Entre estas inovações no posicionamento e técnica com pacientes, foi de primordial importância a introdução da interpretação de sonhos como instrumento da psicoterapia. Isso se combinava com a afirmação de Freud de que os sonhos possuem um conteúdo latente e também um manifesto; com sua argumentação de que o conteúdo manifesto é uma distorção do conteúdo latente do sonho resultante da censura inconsciente; e com sua aplicação da associação livre como método na análise dos sonhos. A teoria dos sonhos, de Freud, e sua compreensão das parapraxias, que resultaram na publicação de A Psicopatologia da Vida Cotidiana (1901) foram formulações derivadas de sua obra sobre a histeria. Em 1897, iniciou trabalho sobre Os Chistes e Sua Relação com o Inconsciente (1905), livro em que ele é o primeiro a investigar a função psicológica do lúdico. Todas essas mudanças pretendiam fornecer chaves para a investigação do inconsciente, com a finalidade de renovar a mente consciente, e todas estavam completas antes de ele e Jung se encontrarem.
Jung iniciou um verbete de en~iclopédia sobre a psicologia profunda, escrito em 1948 e publicado em 1951, com as palavras: "'Psicologia Profunda' é um termo derivado da psicologia médica, cunhado por Eugen Bleuler para denotar aquele ramo da ciência psicológica relacionado com o fenômeno do inconsciente" (CW 18, parág. 1.142).
Nesse artigo Jung acha dificuldade em estabelecer as fontes das idéias principais, porém fala sobre Freud como o "verdadeiro fundador da psicologia profunda que traz o nome de psicanálise". Ele identifica a psicologia individual de Alfred Adler como uma continuação de uma parte das pesquisas iniciadas por seu mestre, Freud. Confrontando-se com o mesmo material empírico, Jung concluiu que Adler o havia considerado de um ponto de vista diferente do de Freud, sendo sua premissa a de que o fator etiológico primordial não era a sexualidade, mas o impulso de poder.
No que concerne a si próprio, Jung reconhece sua própria dívida para com Freud, enfatizando que seus primeiros experimentos com o Teste de Associação de Palavras confirmavam a existência das repressões encontradas por Freud e as conseqüências características, achando que, nas chamadas pessoas normais, bem como em neuróticos, as reações eram perturbadas por complexos emocionais dissociados (isto é, reprimidos). Identifica suas diferenças de ponto de vista como relacionadas à teoria sexual da neurose que ele achava limitada e uma concepção do inconsciente que ele percebia necessitar ser ampliada, uma vez que a via como "a matriz criativa da consciência", contendo não somente conteúdos pessoais reprimidos, mas também motivos coletivos. Rejeitava a teoria da satisfação de desejo dos sonhos, enfatizando, em seu lugar, a função da compensação nos processos inconscientes e seu caráter teleológico. Também atribuía seu rompimento com Freud a uma diferença de ponto de vista sobre o papel do inconsciente coletivo e como este se manifesta em casos de esquizofrenia, isto é, a formulação de sua teoria do arquétipo.
No mesmo artigo, Jung prossegue para delinear suas posteriores observações e descobertas independentes, agora incluídas no conjunto de obras associadas à psicologia analítica. Com uma nova abrangência e proliferação de teorias operacionais da personalidade e do comportamento da personalidade, o termo psicologia profunda é hoje pouco usado, salvo em seu sentido original; ou seja, identificar e descrever as investigações especificamente de fenômenos inconscientes.