Patologia é definida como o estudo da doença com a finalidade tanto de compreender sua causa como aplicar esse conhecimento ao tratamento de pacientes. Muito embora a preocupação de toda a vida de Jung fosse com a patologia, após os anos iniciais como jovem psiquiatra e psicanalista, dava menos importância para a definição dos chamados estados patológicos e já não mais confiava no modelo médico que excluía suas próprias observações e conclusões empíricas. Via distintas diferenças entre uma abordagem médica e uma abordagem psicoterapêutica da patologia, mesmo apesar de considerar a psicoterapia como uma das disciplinas médicas. Precisamente porque as técnicas da análise abrem portas que de outra forma ficariam hermeticamente fechadas na pessoa e, mediante isso, por poderem revelar uma doença latente, é que ele insistia que os analistas leigos trabalhassem em colaboração com médicos.
Em 1945, em uma conferência feita ao Conselho da Academia Suíça de Ciência Médica, Jung chamou a atenção de seus colegas médicos para diferenças entre o médico e o psicoterapeuta em suas abordagens da patologia. Enquanto o médico age para tratar uma patologia, o psicoterapeuta deve ter em mente que a psique doente afeta o todo do homem. Portanto, embora um diagnóstico seja de importância primordial para o médico praticante, pode provar ser de valor relativamente pequeno para o psicoterapeuta. Do mesmo modo, no que concerne à psiconeurose, um histórico completo é quase impossível de se coligir, uma vez que os fatores que contribuem para a situação são originalmente inconscientes para o paciente e muitas vezes ocultados do terapeuta. Finalmente, antes de atacar o sintoma, a psicoterapia tem de ser conduzida psicologicamente; isto é, atenta às imagens psíquicas que se localizam na raiz dos distúrbios. Quando tais imagens são inadmissíveis, tanto para a pessoa como para a sociedade, podem ser consideradas como disfarçando-se em doenças.