Bernheim nasceu a 17 de abril de 1840 em Mulhouse, onde fez seus estudos secundários. Matriculou-se na Faculdade de Medicina de Estrasburgo, e ali defendeu sua tese em 1867. Era professor no momento em que estourou a guerra de 1870. Optou pela França e, deixando a Alsácia, foi nomeado, em 1872, suplente de Hirtz na faculdade de Nancy, que acabava de abrir suas portas. Sete anos depois, obteve a cátedra de clínica médica. Era um clínico geral, e até então nada o levara a ocupar-se das doenças do espírito, quando em 1882, intrigado com o renome de Liébeault, que em um subúrbio de Nancy tratava seus doentes com o sono provocado, decidiu iniciar-se nesse método junto a ele. Seduzido pelos resultados que obtinha e, como se dizia, pelo alívio da sua própria ciática rebelde, tornou-se rapidamente o teórico e líder daquilo que se chamaria Escola de Nancy, agrupando em torno de si os doutores Liébeault e Beaunis e o jurista Liégeois. Em 1882, publicou na Revue Médicale de L'Est o artigo "Magnetoterapia – Histórico e fatos novos" seguido, um ano depois, na mesma revista, de uma série de artigos, que, sob o título "Da sugestão no estado hipnótico e no estado de vigília", formariam o conteúdo de um volume publicado por Doin em 1884. O essencial da sua doutrina estava contido nessa obra: recusando as teorias fluídicas e magnéticas, negando a ação do ímã e qualquer fenômeno "maravilhoso", fazia do sono hipnótico ou provocado um estado fisiológico que se podia obter mais ou menos facilmente em qualquer indivíduo. O estado de hipnose não era, de modo algum, privilégio da histeria, e o mecanismo em jogo era a sugestão. Isso equivalia a contradizer, ponto por ponto, as teorias defendidas por Charcot. Também significava começar, contra a Escola da Salpêtrière, uma luta que, além da morte de Charcot em 1893, teria prolongamentos na obra de Gilles de La Tourette e de Babinski, mas é forçoso reconhecer que nessa atmosfera de euforia científica que cercava o estudo das manifestações mais espetaculares da histeria e que precedia a "revolução" freudiana, os médicos de Nancy eram dos poucos a conservar certo distanciamento crítico.
Posteriormente, a teoria de Bernheim ainda evoluiria em oposição às idéias reinantes, e lhe valeria mais alguns adversários. Ele afirmava que podia haver influência sem sono: "os fenômenos ditos hipnóticos existem sem sono, isto é, sem hipnose, se se entende com essa palavra sono provocado", e o hipnotismo, no fundo, não era mais do que a mobilização da sugestionabilidade, com ou sem recurso ao sono provocado. Assim sendo, a hipnose era devolvida à posição de um procedimento psicoterápico entre outros, que podiam utilizar meios diversos: "sugestão verbal em estado de vigília ou de sono, persuasão racional e emotiva, sugestão encarnada em práticas materiais" ("Da sugestão", 1911).
Em 1910, Bernheim se aposentou e foi para Paris, onde ainda publicou Sono e sonambulismo (1912),A histeria (1913), Automatismo e sugestão (1917). Morreu a 22 de fevereiro de 1919.
Lembre-se que Freud, "com a intenção de aperfeiçoar a sua técnica hipnótica" como ele próprio relatou em "Minha vida e a psicanálise", passou várias semanas durante o verão de 1889 no serviço de Bernheim, de quem até traduziu duas obras importantes: Da sugestão e suas aplicações à terapêutica em 1889 e Hipnotismo, sugestão, psicoterapia em 1892.