Moreira nasceu e estudou na Bahia, onde defendeu sua tese em 1891 sobre "A sífilis maligna precoce". Partiu para a Europa, para completar a sua formação, principalmente nos países de língua alemã, e em 1896, depois de um trabalho sobre a intoxicação arsenical, foi nomeado professor na Universidade da Bahia. Tinha 23 anos. Em 1903, tornou-se diretor do Asilo Federal do Rio de Janeiro, do qual empreendeu uma completa reorganização: unidades separadas para as crianças e para as doenças contagiosas, serviço de cirurgia e de oftalmologia, biblioteca médica, laboratório (as primeiras punções lombares realizadas no Brasil seriam feitas ali !), elevando o número de médicos do estabelecimento a trinta, para 2.300 doentes. Partidário das terapêuticas ocupacionais fundou em 1911, o hospital-colônia do Engenho de Dentro para mulheres, e em 1924 o de Jacarepaguá para homens. Foi o pai da primeira lei federal brasileira de assistência aos alienados, em 1903, que seria reformada em 1927.
As publicações científicas de Moreira se dividem entre a psiquiatria e as afecções tropicais (devemos-lhe, principalmente, um estudo feito a pedido de Hansen sobre as perturbações mentais observadas na lepra). Em 1904, obteve a cátedra de psiquiatria do Rio de Janeiro. Amigo e grande admirador de Kraepelin introduziria no Brasil as teorias do mestre, em um país até então muito ligado às tradições da escola francesa, e onde até hoje, na língua popular, "ficar pinel" significa enlouquecer. Faleceu a 2 de maio de 1933.