Filho de um pastor, nascido em Moutier no cantão de Berna, Morel seguiu inicialmente as pegadas do pai, estudando teologia até 1911. Orientou-se então para a filosofia e defendeu em 1918 uma tese, "Ensaio sobre a introversão mística", inspirada principalmente nas idéias de Freud, que descobriu em 1913, ao escutar Flournoy na Faculdade de Genebra, onde ele próprio, tendo se tornado Privat Dozent, começou a ensinar psicologia. Mas, com o tempo, essa disciplina não o satisfez mais; assim, em 1921, começou a estudar medicina. Seu nome ficaria ligado à hiperostose frontal interna (síndrome de Stewart-Greeg-Morel), à qual dedicou sua tese em 1927. Assumiu então um lugar de assistente na clínica universitária de Bel-Air, tornou-se em 1930, adjunto de C. Ladame e, com a aposentadoria deste em 1938, foi proposto como seu sucessor na cátedra de psiquiatria de Genebra. ltinerário complexo, que levou Morel da teologia para a medicina, do abstrato para o concreto. Tentou fazer a síntese dessa trajetória em um livro publicado em 1947, Psiquiatria neurológica.
Muito influenciado por Clérambault, de quem foi aluno, dedicou-se a um estudo "objetivo" dos fenômenos alucinatórios do automatismo mental e explorou, pelo registro dos movimentos oculares, as alucinações visuais do delirium tremens, sempre preocupado com a importância que ele atribuía, na psiquiatria, à bioquímica e à eletrofisiologia. Devemos-lhe ainda uma vasta pesquisa sobre a incidência da esquizofrenia e da oligofrenia na população de Genebra, de 1900 a 1950. No fim de sua carreira, seduzido pelas teorias cibernéticas, consagrou-Ihes o seu último trabalho, O vocabulário psiquiátrico da nossa época, a informação que ele comunica.