Originário de Viena, Aichhorn adquiriu experiência, nos anos do pós-guerra, com os adolescentes-problema, no cargo de diretor de uma instituição ligada à municipalidade vienense. Analisando de Federn, admitido em 1922 na Sociedade Psicanalítica, integrou-se ao Seminário de Crianças que agrupava em torno de Anna Freud analistas como S. Bernfeld, W. Hoffer, H. Deutsch, W. Reich, R. Spitz, preocupados com as dificuldades pedagógicas apresentados pelas crianças-problema.
Foi um dos primeiros a tentar aplicar, na sua prática de educador, as teorias freudianas ao tratamento dos jovens delinqüentes, insistindo na perturbação das relações objetais precoces observadas nessas personalidades. Relataria a sua experiência em "Juventude abandonada", livro publicado em 1925 e que teve uma certa repercussão. Em 1946, estava entre os militantes que participaram do restabelecimento da União Psicanalítica Austríaca. Morreria três anos depois em sua cidade natal.