Originalmente, um termo biológico que designa a história genealógica e o desenvolvimento evolucionário de uma espécie ou grupo, distinto do desenvolvimento ontogenético do indivíduo. De acordo com a lei biogenética de Haeckel, a filogenia é sempre recapitulada pela ontogênese.
O conceito biológico de filogenia foi usado de diferentes maneiras para analogias analíticas na esfera psicológica, a fim de enfatizar o papel de elementos raciais nas manifestações da psique. De acordo com a teoria da psicologia analítica (Jung) de que a mente ou psique, como órgão da pessoa, tem uma história arcaica, acredita-se que os padrões da psique são derivados de atividades raciais.
Jung refere-se a elementos psíquicos chamados arquétipos, que ele considera como sendo "os elementos fundamentais da mente inconsciente, ocultos nas profundezas da psique; ou, para usarmos outra comparação, eles são as raízes da mente, mergulhadas não só na terra, no sentido mais estrito, mas no mundo em geral. Os arquétipos são sintomas de um estado de preparação que são, ao mesmo tempo, imagens e emoções. São herdados com a estrutura do cérebro, da qual representam o aspecto psíquico".
Se aplicado nessa acepção metafórica especial, o termo filogenia torna-se sinônimo de herança arcaica, perdendo assim todas as ligações com o seu significado biológico original. É óbvio que a interpretação psicanalítica da continuidade das condições sociais e culturais através da "herança" foi derivada sem referência à concepção biológica de herança tal como se expressa nas leis da genética humana.
"Conhecemos o homem primitivo pelos estágios de desenvolvimento por que passou; isto é, através dos monumentos inanimados e implementos que nos legou, através do conhecimento que temos de sua arte, sua religião e suas atitudes com respeito à vida, que recebemos ou diretamente ou por intermédio de lendas, mitos e contos fantásticos; e através dos remanescentes de seus modos de pensar que sobrevivem em nossos próprios modos e costumes."