Henri Beaunis era originário de Amboise. Nomeado professor de fisiologia em 1863, foi ensinar na Faculdade de Medicina de Estrasburgo, e recebeu em 1872 a cátedra de fisiologia em Nancy, herdeira da cátedra da capital alsaciana, da qual Émile Küss, último prefeito da cidade sitiada, fora também o último titular. Beaunis ficaria durante mais de 20 anos na Lorena e associaria seu nome aos trabalhos de Bernheim e de Liébeault, publicando ao mesmo tempo, com A. Bouchard, "Novos elementos de anatomia descritiva e de embriologia" (1880) e individualmente, em 1888, "Novos elementos de fisiologia humana". Em 1889, organizou também na Sorbonne, com Alfred Binet, o primeiro laboratório francês de psicofisiologia, cuja direção assumiria em 1892, ao se aposentar da Faculdade de Nancy, contribuindo, por sua própria formação, para separar a psicologia da filosofia, da qual a primeira nascera.
Foi também essa formação que o levou ao estudo das modificações fisiológicas observadas nos pacientes em estado de hipnose, às quais ele tentava aplicar métodos de registro objetivos. O essencial está na obra publicada em 1886, "O sonambulismo provocado". Estudos fisiológicos e psicológicos. Foi ele, enfim, que criou em 1894, com Binet, a revista L'Année Psychologique. À margem da sua obra científica, foi autor de pequenas comédias, de uma tradução poética de Ésquilo e de uma antologia de memórias, Impressões do campo, escrito quando era médico no Exército do Loire.