Bonhoeffer nasceu a 31 de março de 1868 em Neresheim (Würtemberg). Depois de obter seu doutorado em Tübingen, tornou-se assistente de Wernicke em Breslau. Nessa clínica, dirigiu um serviço encarregado essencialmente de alcoolistas e paralíticos, o que determinou o seu interesse pelas psicoses orgânicas e tóxicas. O campo de interesse de Wernicke impregnou a primeira publicação científica importante de Bonhoeffer: "Uma contribuição para a localização dos movimentos coréicos" (1897). Provava a gênese orgânica de um caso de hemicoréia, enquanto essa doença era considerada até então funcional. No mesmo ano, obteve o título de Dozent, com sua tese "O estado psíquico dos alcoolistas delirantes". Em 1903, foi chamado como professor-ordinário para Königsberg, e em 1904 para Heidelberg, mas voltou no mesmo ano para Breslau. De 1917 a 1937, foi professor-ordinário e diretor do Hospital da Caridade em Berlim. Morreu a 4 de setembro de 1948.
Inspirado pela psiquiatria localizacionista, Bonhoeffer se afastou, entretanto, de uma aplicação excessivamente rígida dessa abordagem. Publicou muitos trabalhos sobre as áreas limítrofes entre a psiquiatria e a neurologia, notadamente sobre o delirium tremens e a psicose de Korsakov. A comparação entre as psicoses durante as intoxicações e as infecções o levou à conclusão de que todas as influências nocivas provenientes "do exterior" produziam a mesma semiologia, que ele subdividiu em diferentes formas. Chamou a esses quadros "síndromes exógenas agudas". Estas eram, para Bonhoeffer, epifenômenos não-específicos de obstáculos orgânicos no cérebro. Considerava que o seu sintoma mais característico era o obscurecimento da consciência, raramente ausente.
Os artigos mais importantes sobre esse tema são "As psicoses sintomáticas subseqüentes a afecções agudas e a doenças internas" (1910).
Embora pouco conhecido na França, o conceito de síndrome exógena aguda representa um elemento constituinte da nosologia alemã, completando a obra de Kraepelin.