Filho de um tabelião de Neuville-sur-Ain, Bottex exercia a medicina em Lyon, havia alguns anos, quando foi chamado em 1830 para suceder a Faivre no Hospital de L' Antiquaille, local inadaptado onde haviam sido reunidos os alienados do Hospital La Charité e da Santa Casa (e também os sifilíticos e doentes atingidos por afecções cutâneas), em conseqüência dos protestos de Louis Amard.
Em 1847, a administração decidiu construir um estabelecimento mais confortável e encarregou Bottex de fazer o projeto de um novo asilo, que abriria suas portas 30 anos depois, graças à obstinação do seu aluno Arthaud.
Desde 1831, Bottex instaurou na Antiquaille um curso clínico sobre as doenças mentais, que considerava de natureza exclusivamente orgânica. Perito afamado, devemos-lhe um tratado intitulado "Da medicina legal dos alienados em suas relações com a legislação criminal".
Morreu a 16 de setembro de 1849.