Originário de um meio judaico lituano muito ortodoxo, Minkowski nasceu em São Petersburgo a 17 de abril de 1885. Seus pais foram instalar-se em Varsóvia quando ele tinha sete anos de idade, e foi nessa cidade que ele começou seus estudos de medicina. Mas a repressão que se seguiria, em 1905, à insurreição do marechal Pilsudski acarretou o fechamento das universidades, e foi em Munique que ele obteve o seu diploma em 1909, diploma que teve que ratificar na Faculdade de Kazan, a fim de poder trabalhar na Rússia. Em 1914, a declaração de guerra o surpreendeu em Munique, para onde fora, a fim de estudar filosofia. Teve que refugiar-se em Zurique, onde Bleuler lhe ofereceu um lugar de assistente-voluntário. Não permaneceria ali. Em março de 1915, engajou-se no Exército francês, participou como médico dos combates de Somme e de Verdun, e depois do armistício fixou-se definitivamente em Paris, decisão que, pela terceira vez, o obrigou a preparar uma tese, que defendeu em 1926. Médico no Hospital Rotschild, encarregado de um serviço de consultas de psicoterapia no Hospital Henri-Rousselle, foi um dos fundadores do grupo da Évolution Psychiatrique .
Referindo-se a Bleuler na sua formação psiquiátrica, discípulo de Husserl e de Bergson em suas posições filosóficas, Minkowski foi um dos principais representantes na França da corrente de pensamento fenomenológico na patologia mental, como mostram obras como Estudo psicológico e análise fenomenológica de um caso de melancolia esquizofrênica (1923), A esquizofrenia, que teve duas edições separadas por um quarto de século, em 1927 e em 1951, O tempo vivido. Estudos fenomenológicos e psicopatológicos (1933) e o seu Tratado de psicopatologia.
Eugène Minkowski faleceu em Paris, a 15 de novembro de 1972.